Сборка геномов

Преподаватели

• Яна Сафонова
• Антон Банкевич

Темы занятий

• Введение в задачу сборки генома и ее применения. Характеристики технологий секвенирования. Базовые подходы. Алгоритмы коррекции ошибок. Способы оценки качества геномных сборок
• Подход, основанный на использовании графа перекрытий. Применение данного подхода к Sanger ридам и длинным ридам третьего поколения
• Подход, основанный на использовании графа де Брюйна. Наиболее популярные ассемблеры, использующие граф де Брюйна
• Повторы - узкое место задачи сборки генома. Алгоритмы разрешения повторов и некоторые теоретические конструкции
• Сборка больших геномов
• Сборка диплоидных геномов и восстановление гаплотипов
• Сборка метагеномных данных

---

Материалы

• Слайды лекций
• Домашние задания
• Дополнительные материалы