Rnaquant

RSEM

1. Чтобы сделать референс (в данном случае - для аннотации Gencode 23 - primary), нужно выполнить следующее:

rsem-prepare-reference -gtf /media/DISK1/reference/Gencode/human_23/genprime_v23.gtf /media/DISK1/reference/Gencode/human_23/GRCh38.primary.fa genprime_v23_rsem

2. Дальше, надо в референсе вычистить все названия генов и транскриптов - вместо ENST00034234.12_TPFD4-001 сделать ENST00034234.12

Переделанный референс для человека лежит в /media/DISK1/reference/RSEM/genprime_v23_rsem

3. Чтобы собственно получить квантификацию:

rsem-calculate-expression -p 4 --bam --no-bam-output --forward-prob 0.5 --estimate-rspd --paired-end SRR629564.tr.bam /media/DISK1/reference/RSEM/genprime_v23_rsem SRR629564_out