Random

Сюда следует записывать разные полезные программки, трюки, и изумительные кунштюки.

Entrez Direct

Достаточно неудобоваримый набор Perl-овых скриптов, который, впрочем, незаменим при работе с GEO Omnibus. Скачивается вот здесь.

Исходно скрипты используются в виде веб-запросов и называются NCBI E-utils, описание которых можно почитать например здесь.

Нами применяется в целом ряде скриптов, автоматически скачивающих сырые данные (.sra) по выданным им GSM и GSE-идентификаторам.

Еще один древний набор биоинформатика - там около 200 программ, и все они могут быть полезны в разных ситуациях.

Ситуации включают liftOver, преобразование разных старых форматов типа wig/bigWig/bedGraph, и так далее.

Скачать все скрипты можно вот тут.