Эксперименты

Материал из Институт биоинформатики
Перейти к: навигация, поиск

Экспериментальные базы данных

Для проведения экспериментов были построены различные экземпляры баз данных.

Оригинальная база 2013

База данных 2013 описана в соответствующией статье. В данной статье будем ссылаться на нее как DB13

Плотность распределения частот генов, DB13
Зависимость частот генов от позиции после упорядочивания по невозрастанию частоты, DB13

БД13 с равномерно распределенными генами

Данная база является изоморфной по модулям оригинальной DB13, гены в которой распределены равномерно. В данной статье будем ссылаться на эту базу как UDB13 (Uniform DB13).

Равномерная база данных

Данная база является полностью искусственной. Она содержит 3000 GSE, каждый из которых состоит из 20 модулей длины 300. Гены в модулях распределены равномерно. В данной статье будем ссылаться на эту базу как FUDB (Fully Uniform DB).

Равномерная база данных c оригинальным распределением генов

Данная база совпадает по структуре с FUDB за тем исключением, что в ней гены имеют оригинальное распределение (для мыши), то есть они распределены так же, как и в DB13 (оригинальной базе, для мыши). В данной статье будем ссылаться на эту базу как OGDDB (Original Gene Distribution DB).

Частоты генов имеют следующие квантили:

  • 0.25-квантиль – 39
  • 0.50-квантиль – 374
  • 0.75-квантиль – 1365
  • 1.00-квантиль – 2438
Плотность распределения частот генов, OGDDB
Зависимость частот генов от позиции после упорядочивания по невозрастанию частоты, OGDDB

Сводная таблица

Сводная таблица баз данных
Дл.модулей оригинальные Дл. модулей одинаковые
Оригинальное распр.генов DB13 OGDDB
Равномерное распр.генов UDB13 FUDB

6k vs. True GSE Size

Сходимость распределения log(p-value)

Плотность распределения частот генов, DB13
Плотность распределения частот генов, UDB13
Плотность распределения частот генов, OGDDB
Плотность распределения частот генов, FUDB

Стратификация