Молекулярная филогения

Материал из Институт биоинформатики
Перейти к: навигация, поиск

Преподаватель

Темы занятий

Курс посвящен основным понятиям и концепциям молекулярной эволюции и филогенетики. Рассматриваются основные алгоритмы построения и анализа филогенетических деревьев, особенности работы с полногеномными данными, основв генетики популяций, методы оценки некоторых эволюционных тенденций. Студенты получат навыки обработки реальных данных, проведения филогенетического анализа, построения деревьев и интерпретации полученных результатов.

Ориентировочная программа весеннего семестра:

  1. Введение в филогенетику. Задачи филогенетики. Филогенетические деревья. Форматы данных. Гомология.
  2. Выравнивания. Матрицы замен. Парное выравнивание: глобальное и локальное. Множественное выравнивание. ClustalW.
  3. Поиск последовательностей. BLAST, его разновидности. Поиск ортологов.
  4. Модели нуклеотидных замен. Неравномерность скоростей замен. Выбор моделей.
  5. Построение деревьев. Методы расстояний, Neighbour-joining. Метод максимальной парсимонии. Метод максимального правдоподобия. Тестирование филогении, Bootstrap. Байесовские методы. Программы построения филогенетических деревьев: MEGA, RaxML, MrBayes.
  6. Основы генетики популяций. Нейтральная теория молекулярной эволюции. Возникновение и фиксация мутаций. Теория коалесценции. Эффективная численность популяции. Генетический дрейф. Определение демографической истории популяций.
  7. Естественный отбор и методы его оценки.
  8. Датировка филогенетических событий и молекулярные часы.

Материалы