Молекулярная филогения
Материал из Институт биоинформатики
Преподаватель
Темы занятий
Курс посвящен основным понятиям и концепциям молекулярной эволюции и филогенетики. Рассматриваются основные алгоритмы построения и анализа филогенетических деревьев, особенности работы с полногеномными данными, основв генетики популяций, методы оценки некоторых эволюционных тенденций. Студенты получат навыки обработки реальных данных, проведения филогенетического анализа, построения деревьев и интерпретации полученных результатов.
Ориентировочная программа весеннего семестра:
- Введение в филогенетику. Задачи филогенетики. Филогенетические деревья. Форматы данных. Гомология.
- Выравнивания. Матрицы замен. Парное выравнивание: глобальное и локальное. Множественное выравнивание. ClustalW.
- Поиск последовательностей. BLAST, его разновидности. Поиск ортологов.
- Модели нуклеотидных замен. Неравномерность скоростей замен. Выбор моделей.
- Построение деревьев. Методы расстояний, Neighbour-joining. Метод максимальной парсимонии. Метод максимального правдоподобия. Тестирование филогении, Bootstrap. Байесовские методы. Программы построения филогенетических деревьев: MEGA, RaxML, MrBayes.
- Основы генетики популяций. Нейтральная теория молекулярной эволюции. Возникновение и фиксация мутаций. Теория коалесценции. Эффективная численность популяции. Генетический дрейф. Определение демографической истории популяций.
- Естественный отбор и методы его оценки.
- Датировка филогенетических событий и молекулярные часы.