Алгоритмы в NGS

Курс включает в себя знакомство с современными технологиями секвенирования и их применением в биологии и биоинформатики. Курс состоит из лекций и практических домашних заданий. На лекциях студенты узнают о методах обработки данных NGS и алгоритмах, которые используются в современных биоинформатических пакетах. В рамках домашних заданий студенты производят анализ различных данных NGS с помощью современного биоинформатичекого ПО, а также пишут собственные скрипты. Ключевым аспектом домашних заданий является понимание природы данных и интерпретация результатов анализа.

Преподаватель

Андрей Пржибельский

Темы занятий

• Введение в анализ данных NGS
• Сборка геномов
• Оценка качества геномных сборок
• Сборка метагеномов
• Выравнивание ридов на геном, поиск вариаций
• Коррекция ошибок в ридах
• Транскриптомика, выравнивание и сборка данных RNA-Seq, экспрессия генов

---

Материалы

• Слайды лекций
• Домашние задания
• Дополнительные материалы