Алгоритмы в биоинформатике 2017 осенний семестр

Материал из Институт биоинформатики
Перейти к: навигация, поиск

В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики, разобраны основные алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательностей в больших текстах.

Преподаватели

Алексей Шпильман

Здесь можно задать вопросы преподавателю

Темы занятий

  1. Введение в молекулярную биологию: история исследования ДНК и белковых структур.
  2. Расстояния между последовательностями, эффективные алгоритмы попарного выравнивания, множественное выравнивание.
  3. Статистика выравниваний, мера сходства последовательностей.
  4. Алгоритмы поиска подстроки в тексте, суффиксное дерево и массив, построение сжатых индексов по геному, BWT.
  5. Поиск подстроки с ошибками, эвристические подходы, BLAST.
  6. Скрытые марковские модели в биоинформатике.
  7. Гены. Алгоритмы предсказывания генов, статистические подходы и подходы, основанные на сходстве.
  8. Молекулярная эволюция, алгоритмы кластеризации и построения филогенетических деревьев.
  9. Алгоритмы поиска структур РНК.
  10. Вычислительная масс-спектрометрия, восстановление белков по спектру.
  11. Чтение и сборка геномов.
  12. Рентгеноструктурный анализ.
  13. Молекулярная механика и докинг.

Аттестация

Оценка за курс складывается из баллов за домашние задания и баллов за экзамен.

Материалы